2月18日，国务院发布《粤港澳大湾区发展规划纲要》。根据规划，粤港澳大湾区的建设目标是打造国际一流湾区和世界级城市群，而实现这个战略目标的关键就在于如何在“一个国家、两种制度、三个关税区”的情况下推进珠三角九市、香港和澳门三大区域的税收协调合作。
近年来，税收合作在推动粤港澳区域合作、促进区域协调发展和经济增长方面承担了日益重要的使命。2017年，广东省已通过开展税收合作，为符合协议待遇条件的香港、澳门企业分别减免税款近35亿元、1500万元，有效优化了粤港澳大湾区的营商环境，释放了经济发展新动能。因此，粤港澳大湾区建设的推进，需要进一步发挥税收服务经济职能作用，以税收合作为纽带推进粤港澳大湾区开展更深层次交流合作、实施更高层面协调发展、形成更强发展合力。
在“一个国家、两种制度、三个关税区”背景下，粤港澳三地税收制度及税负水平差异明显。若按税收总额与国内生产总值的比值衡量税收负担，珠三角九市2017年的税负为21.6%；香港2017财年的税负为13.1%；扣除博彩业增加值及博彩专营税后，澳门2016年的税负为6.4%，不扣除则为25.8%。税负水平的差异将直接影响粤港澳大湾区生产要素的流动。
以个人所得税税负为例，港澳居民任何12个月内于珠三角工作或停留超过183天，就需按照内地的个人所得税法缴纳税款。从征税范围看，珠三角九市个人所得税征税面更广，同时行使居民税收管辖权与来源地税收管辖权，对居民来自于境内外的全部收入和非居民来自于境内的收入均征收个人所得税；而香港和澳门均行使单一来源地税收管辖权，只对来自于香港或澳门的收入征收个人所得税。
从起征点看，港澳的起征点远高于珠三角九市，珠三角九市个税起征点为5000元/月；澳门个税起征点为144000澳门元/年；香港个税则按已婚、子女、供养父母等设置了不同的免税额，例如已婚人士免税额为264000港元/年。
珠三角个人所得税税负大幅高于港澳地区，致使港澳居民不愿在珠三角工作较长时间，影响了粤港澳大湾区人才尤其是高素质人才流动。因此，粤港澳大湾区需要通过税收合作，降低税负差异对人才就业、企业创业等活动的影响，促进人才在粤港澳大湾区的高效流动和优化配置。
针对留人才的具体措施包括：发放个人所得税税额补贴，增加专项扣除，完善纳税人收入信息交换机制等。
1月份，广东省政府发布2019年“一号文”《关于进一步促进科技创新若干政策措施》，措施提出将减轻在粤工作的港澳人才和外籍高层次人才内地工资薪金所得税税负，珠三角九市可按内地与境外个人所得税税负差额给予补贴。
除了采用财政手段发放港澳人才税额补贴，增加专项扣除的方式以外，大湾区还须完善纳税人收入信息交换机制。这一机制可借鉴欧盟区 “储蓄利息税指令”和“行政合作指令”的具体做法，不断完善纳税人收入信息交换机制，定期自动交换跨境纳税人的基本信息、储蓄利息、工资薪金等涉税信息，以强化大湾区内个人所得税的征管。
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